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La DEPE anime chaque opération, depuis la réception de la saisine jusqu’au colloque de restitution des résultats et à leurs valorisations. La DEPE peut également apporter un appui méthodologique à des opérations conduites par des établissements partenaires.

La DEPE applique la Charte nationale de l'expertise et dispose d'une traçabilité de ses processus. Pour chaque opération, elle rassemble un comité scientifique d'une vingtaine d'experts, internes et externes à INRAE, qui travaillent sur une période de 18 à 24 mois. Les experts sollicités pour les opérations d'expertise appartiennent à des établissements de l'enseignement supérieur et de la recherche publics. Les prospectives associent également des experts du monde socio-économique. Certaines opérations sont conduites en partenariat avec d'autres établissements publics de recherche (par ex. IFREMER, CNRS).

Les commanditaires et les partenaires des opérations d'expertise, d'étude et de prospective sont réunis dans un comité de suivi qui s'assure du bon déroulement de chaque opération, relativement à la convention de recherche établie. Un comité consultatif d'acteurs est constitué pour chaque opération d'expertise ou d'étude, il permet de consulter les parties-prenantes (1) en début d'opération sur le périmètre de la saisine, les questions posées par les commanditaires, et leur prise en charge par le collectif d'experts, (2) en fin d'opération sur les résultats obtenus et les enseignements à en tirer.