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La Direction de l’expertise scientifique collective, de la prospective et des études (DEPE) est composée d'une vingtaine d'ingénieurs permanents et de personnels sous contrat spécialisés dans l'expertise et la prospective, la documentation, la communication, ainsi que dans l'appui logistique spécialisé dans la gestion en mode projet. La DEPE applique la Charte nationale de l'expertise et dispose d'une traçabilité de ses processus. Pour chaque opération, elle rassemble des comités d'une vingtaine d'experts, internes ou externes à INRAE, qui travaillent sur une période de 18 à 24 mois.

Les experts sollicités pour les opérations d'expertise appartiennent uniquement à des établissements de l'enseignement supérieur et de la recherche publics. Les prospectives associent également des experts du monde socio-économique. Certaines opérations sont conduites en partenariat avec d'autres établissements publics de recherche (par ex. IFREMER, CNRS).

Les commanditaires et les partenaires des opérations d'expertise et de prospective  sont réunis dans un comité de suivi qui s'assure du bon déroulement de chaque opération, relativement à la convention de recherche établie. Un comité consultatif d'acteurs est constitué pour chaque expertise, il permet de consulter les parties-prenantes (1) en début d'opération sur le périmètre de la saisine, les questions posées par les commanditaires, et leur prise en charge par le collectif d'experts, (2) en fin d'opérations sur les résultats obtenus et les enseignements à en tirer.