Les microorganismes sont utilisés depuis des millénaires dans les systèmes alimentaires, par exemple pour la fermentation des aliments. Le développement des connaissances scientifiques dans le domaine des microbiomes s’est récemment fortement accéléré, notamment grâce aux techniques de séquençage haut débit. On sait aujourd’hui que les microorganismes sont omniprésents dans notre environnement, et qu’ils jouent un rôle majeur dans la santé des sols, des plantes, des animaux, des êtres humains et des écosystèmes en général. Ainsi, de par leurs multiples fonctions, les microbiomes sont présentés comme des solutions potentielles aux défis posés par la mise en place de systèmes alimentaires durables, du champ à l’assiette. Ils pourraient notamment contribuer à remplacer ou diminuer les intrants chimiques de synthèse utilisés en production végétale (pesticides, fertilisants), à réduire l’utilisation d’antibiotiques en production animale, à réduire les pertes et gaspillage alimentaire, à améliorer le goût des produits végétaux grâce à la fermentation…

Dans cette prospective il s’agira de construire des scénarios exploratoires de systèmes agricoles et alimentaires européens durables et favorables à la santé, s’appuyant sur les microorganismes. Ces scénarios reposeront sur des hypothèses contrastées d’évolution des différentes composantes du système étudié, par exemple : les modes de production des microorganismes, leurs usages, les comportements des consommateurs, les politiques publiques et les réglementations, les connaissances, techniques et innovations, etc.

Par l’élaboration de visions communes, la prospective permet de créer un espace de discussion entre les parties prenantes autour de projections des futurs ; la dernière phase du projet sera ainsi dédiée à la présentation et la mise en débat des scénarios auprès de différents publics.

Ce projet est soutenu par INRAE et par trois programmes : le métaprogramme INRAE Holoflux, le Grand défi Ferments du Futur porté par INRAE et par l’ANIA, et le Programme et Equipement Prioritaire de Recherche “Systèmes alimentaires, Microbiomes et Santé” co-piloté par l’Inserm et INRAE.